shannon指数和chao1-shannon指数和Simpson指数的意义

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本文目录一览：

• 1、Qiime1-9.如何分析OTU表?
• 2、香农威尔指数公式
• 3、Alpha多样性Pielou均匀度指数
• 4、16s—α多样性分析(R画箱线图)

Qiime1-9.如何分析OTU表?

稀释性曲线（Rarefaction Curve）***用对测序序列进行随机抽样的方法，以抽到的序列数与它们所能代表OTU的数目构建曲线，即稀释性曲线。

去除嵌合体序列 去除嵌合体序列主要包括：嵌合体序列的确定、从序列文件中删除嵌合体和从OTU table中删除嵌合体。

样品中的微生物多样性和不同微生物的丰度都是基于对OTU的分析。使用QIIME（version 0）工具包进行统计注释。

第一步是要将你的OTU表转化为相对丰度表，qiime中的 sumarize_taxa.py 可以进行该操作，并且添加样本的meta信息。 产生的文件里包含不同分类水平的文件。你可以选择你想要进行分析的水平文件用于下游分析。

香农威尔指数公式

式中S为物种数目，Pi为属于种i的个体在全部个体中的比例，H为物种的多样性指数。公式中对数的底可取2，e和10，但单位不同，分别为nit，bit和dit。

Shannon—Wiener指数：衡量种群多样性的指数，由下式计算各样品的多样性指数（Shannon—Wiener指数）：H=－∑ （ni ∕ N）lg（ni / N）式中，ni为各条带吸收峰的面积；N为所有条带吸收峰的总面积。

再者在该界面中，公示栏中输入计算香农威纳指数的公式“=-SUMPRODUCT（A1：A5）*LOG（A1：A5）/SUM（A1：A5），2）/SUM（A1：A5）”。最后在该界面中，单元格里成功显示香农威纳指数结果。

Alpha多样性Pielou均匀度指数

1、Pielou均匀度指数E=H/Hmax式中H为实际观察的物种多样性指数，Hmax为最大的物种多样性指数，Hmax=LnS（S为群落中的总物种数）。

2、Pielou指数（均匀度指数）： E＝H/InS Simpson’s 指数（优势度指数）： D=1- 其中，Ni为种i 的个体数，N为群落中全部物种的个体数。S为物种数目，Pi为属于种i 的个体在全部个体中的比例。

3、Pielou均匀度指数 E=H/Hmax 式中H为实际观察的物种多样性指数，Hmax为最大的物种多样性指数，Hmax=LnS（S为群落中的总物种数）。

16s—α多样性分析(R画箱线图)

α多样性分析是反映生态系统内物种的多样性，包括 丰富度 和 均匀度 的综合指标。丰富度：物种类别的多少，越丰富多样性越高。均匀度：不同物种的数目均匀程度，越均匀多样性越高。

a） 群落生态学中研究微生物多样性，通过单样品的多样性分析（α[Alpha]多样性）可以反映微生物群落的丰度和多样性，包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性。

在微生物多样性分析的报告中主要包括五个部分：Alpha多样性分析、Beta多样性分析、物种组成分析、进化关系分析、差异分析，其中Alpha多样性分析是生态学中生物多样性的一个重要的组成部分，也是比较基础的一部分。

多个样品中所共有和独有的 OTU展示，依据是共有和独有OTU表格。意义：体现共性和独特性上的差异。

微生物）种。通过OTU分析，就可以知道样品中的微生物多样性和不同微生物的丰度。测序区段：由于16s rDNA较长（5kb），我们只能对其中经常变化的区域也就是可变区进行测序。

几乎只要想到差异分析，就会想到箱线图。也开发出类箱线图的工具比如小提琴图（小提琴图Violin plot） 一般有进化树和层次聚类树，如果你想表达对象之间的距离差异，最直观的的也许就是树状图了。

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